Лучший форум по 1С:Предприятию 8 и не только;)

Купили комплексную, встал вопрос доработки именно по части торговли, чтобы небыло проблем с обновлением решили выделить торговлю в отдельную базу. Как это сделать?

В конфигураторе есть подсистемы. Все что относится к торговле закреплено под одну (несколько) подсистем. Можно вносить изменения в торговую часть, а когда будете обновлять сделайте сравнение и объединение по подсистемам.

Это касается в целом процесса доработки любой конфигурации в области отдельных подсистем.